受恙螨幼虫叮咬后局部可发生丘疹、溃疡或焦痂。病原体先在局部繁殖，继经淋巴系统进入血循环而产生立克次体血症。病原体死亡后释出的毒素是致病的主要因素，可导致各脏器的炎性病变和一些变性病变，以及临床上的毒血症症状。
全身淋巴结轻度肿大，溃疡或焦痂附近的淋巴结肿大较着，中央可呈坏死。内脏普遍充血，脾肿大数倍，肝轻度肿大并有局灶性坏死。心有局灶性或弥漫性心肌炎，可伴出血及小的变性病变。肺充血，伴有支气管肺炎和胸腔积液。脑有淋巴细胞性脑膜炎，脑干处可见小出血点。肾有时呈广泛的急性炎症变化。胃肠道特别是回肠下端常广泛充血。
“斑疹伤寒结节”也见于本病，小血管周围有单核细胞、浆细胞、淋巴细胞等浸润，但血管内膜的内皮细胞肿胀不如流行性斑疹伤寒显着，血栓形成也较少见。