小麦在自然条件下，是以自花传粉为主，但也能进行异花传粉。小麦的花是两性花，其自花传粉过程是花粉从雄蕊落到同一朵花的柱头上。由于风媒作用，小麦也能进行异花传粉，有一定的天然杂交率。但自然界中小麦花粉存活时间短，导致小麦异花传粉率较低，其天然杂交率只有1%-3％。
一、小麦以自花传粉为主
在自然条件下，小麦一般是自花传粉的。小麦的花是两性花，雄雌蕊等长，且雄雌蕊能同时成熟，因此小麦倾向于自花传粉。但是小麦并不是完全严格的自花传粉，由于小麦不是闭花传粉，在花未受精的情况下即可开放，且小麦不存在异花不孕的情况。花粉经过风媒传播，就有可能接受异花花粉，发生天然杂交。不过小麦的花粉存活时间相当短，所以在自然条件下，小麦异花传粉的概率较低，只有1％-3％。因此自然界中的小麦还是以自花传粉为主。
二、自花传粉和异花传粉
自花传粉指传粉过程由一朵两性花的花粉落到此花的柱头上的现象。自花传粉植物的花必然是两性花，雌雄蕊较靠近，花粉能易于落到柱头上。同时雌蕊和雄蕊必须同时成熟，才能共同完成受精作用。但并不是全部有两性花的植物都是自花传粉，自然界中少数被子植物是自花传粉，如大麦、大豆、豆角、水稻、豌豆、指甲花等，多数为异花传粉。
异花传粉是受精过程由一朵花的花粉落到另一朵花的柱头上的现象。异花传粉可以在不同株上或不同花上进行。它的花粉传播的途径主要是通过风力或昆虫。异花传粉植物的自然杂交率一般在50%以上，如玉米、荞麦、苹果、向日葵、桃树等。