MRI的缺点如下:
(1)对钙化、结石敏感·性不高，不适于观察小的钙化、结石。
(2)心脑起搏器在磁场内可磁化，失去正常功能，对患者有生命危险，凡装有心脏起搏器者应严禁MRI检查。
(3)血管灸、弹片、节育环等铁磁性物质，可明显千扰人体磁场均匀度，形成大面积伪影，降低图像质量，若金属物体国定不牢，在强碰场环境下发生位置改变，还可对机体造成二次损伤。
(4）目前的拖救设备多由铁磁性金属材料制成，不适合在磁场中工作，凡需抢救或心电监护者不宜做MRI检查。
(5)对病人配合能力要求较高，小儿、急诊或烦躁不合作者，图像质量不高。( 6)MRI主磁场体腔较小，检查过程中噪音较大，病人易产生恐惧感，有幽闭恐惧症者不宜。
(7)设备昂贵,检查费用高，设备普及率相对较低。
(8）虽然没有确切证据表明磁场对胎儿发育有影响，但从安全角度出发，妊娠早期最好不做MRI。